El Rector de la Universidad de Atacama desempeña un papel fundamental en la gestión y supervisión de la institución. Como principal funcionario ejecutivo, se encarga de supervisar todas las actividades académicas, administrativas y financieras, garantizando que la universidad funcione de manera eficiente y cumpla con sus objetivos estratégicos. Su autoridad abarca todos los aspectos de la universidad, excepto aquellos específicamente reservados para la Junta Directiva.
Entre sus responsabilidades, el rector tiene la tarea de nombrar al personal académico y administrativo, así como a los directores de departamentos. Además, propone el presupuesto anual de la universidad y establece las normas para las remuneraciones del cuerpo académico y los funcionarios superiores y administrativos. También se encarga de ejecutar los acuerdos de la Junta Directiva, aprobar la cuota anual de ingreso de estudiantes y administrar los bienes de la universidad, asegurando una gestión eficaz y transparente.
Sumado a lo anterior el rector actúa como enlace directo entre las facultades, el Consejo Académico y la Junta Directiva, facilitando la comunicación y la colaboración entre estos organismos. Además, elabora la memoria anual sobre las actividades de la universidad y coordina las acciones de interés general a través de comisiones universitarias. Su liderazgo y compromiso con la excelencia académica y administrativa son esenciales para el desarrollo y crecimiento continuo de la universidad.